כתב יד ווֹינִיץ' (באנגלית: Voynich manuscript) הוא ספר מאויר הכתוב בכתב ובשפה לא מזוהים ולא מפוענחים, וייתכן שעושה שימוש בצופן. על פי תיארוך פחמן 14 של הקלף עליו נכתב, הספר נכרך בין השנים 1404 ל-1438 על ידי מחבר שזהותו אינה ידועה, ככל הנראה בתקופת הרנסאנס באיטליה. כתב היד נקרא על שמו של סוחר ספרים פולני-אמריקני בשם וילפריד וויניץ' שהביא את הספר לעין הציבור. וויניץ' קנה את הספר מאגודת ישו בשנת 1912 בווילה מונדרגונה, הסמוכה לרומא.
כשגילה וויניץ' את כתב היד, המהווה ספר קטן יחסית (18X25 ס"מ) בעל כריכה קשה, היה מקופל בתוכו מכתב שנשלח על ידי הרקטור של אוניברסיטת קארל בפראג לאתנסיוס קירכר בשנת 1665. על פי המכתב, רכש רודולף השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, ששלט בין השנים 1576–1612, את כתב היד המסתורי תמורת 600 דוקטים. מאחר שכל הניסיונות לקרוא בו עלו בתוהו, פנה הרקטור למלומד ידוע שם על מנת שינסה לפענח את תוכנו. במכתב יש גם רמז למעורבותו האפשרית של רוג'ר בייקון – נזיר פרנציסקני שעסק גם בתחומי המיסטיקה והמדע, מה שאולי פורש את התעלומה כמה מאות שנים לאחור, עד למאה ה-13, התקופה שבה חי בייקון ופעל.
וויניץ' היה בטוח שהחוקרים יוכלו לפתור את סודותיו של כתב היד ויגלו מהי מהות הטקסט המוזר שבתוכו, ואז הוא יוכל למכור אותו במחיר גבוה ולהתעשר, אולם הוא התבדה במהרה. הוא הציע למומחים רבים לנסות לפענח את הספר. פילולוגים ניסו לפענח את הספר באמצעות שיטות לפענוח שפות עתיקות, בוטנאים ניסו לפענח את השפה באמצעות ציורי הצמחים, המופיעים בו, אסטרונומים ניסו לפענח את השפה באמצעות איורי גרמי השמיים המופיעים בו, אולם כולם נכשלו.